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应对措施
1）对于日常生产领用材料和研究开发领用材料的区分，除通过重点检查管理费用、原材料明细账、原材料购入、发出、结存明细表、相关费用分配表等外，审计人员还可以考虑进行如下分析判断：
1总量领用的合理性判断；
1研究开发材料领用的月均波动情况是否合理；
1领用材料与研究开发项目的相关性判断，必要时可以考虑利用外部专家工作。如，聘请行业专家，对研究开发项目有关直接投入的品种、数量、质量等因素的合理性、相关性进行评价；
1重点对研究开发材料所形成的实物成果进行盘点及残次品的销售进行综合判断。如，电缆生产企业研究开发项目领用的铜等重要材料，在考虑残次品销售的前提下，需要对期末实物库存的合理性进行判断。
2）对于直接购入的能源、材料等，需要通过检查购入发票、运输单据、入库单、领料单等确认其真实性，并聘请相关行业专家，确定购入的能源、材料等与研究开发项目的相关性。
3）对动力费用、共同使用的模具、样品、样机及一般测试手段购置费等，可以采用工作量等合理的方法，分摊计入各研究开发项目成本。
固定资产折旧与长期待摊费用
难点
固定资产折旧与长期待摊费用摊销，是指为开展研究开发活动购置的仪器和设备以及研究开发项目在用建筑物的折旧费用，包括研究开发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
应对措施
1）重点检查固定资产明细账、长期待摊费用明细账；检查申报企业年度新增固定资产及长期待摊费用的发票、固定资产的申购单、入库单、验收单；实地查看该部分设备，核对资产用途（检查使用说明书等），确定其是否真实存在，是否用于研究开发项目。
2）结合固定资产盘点，核对与研究开发活动相关的固定资产是否账实相符；检查购入时已计入研究开发费用的固定资产，是否单独管理，是否存在重复计提折旧的情况。
3）复核各项折旧、摊销的准确性及相关性，关注前后各期折旧政策及方法的一致性：
①检查是否属于为执行研究开发活动而购置的仪器和设备或研究开发项目在用建筑物的折旧费用；
②检查固定资产折旧计提、长期待摊费用摊销所采用的会计政策、会计估计是否与财务报表所采用的一致，且前后各期是否保持一致，折旧或摊销的计算是否正确；
③对于研究开发项目和非研究开发项目共用的资产，检查折旧或摊销的分配方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分配的金额是否正确。
4）对属于多个项目使用的，检查分摊方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分摊的金额是否正确。
设计费用
审计难点
设计费用，是指为新产品和新工艺的构思、开发和制造，进行工序、技术规范、操作特性方面的设计等发生的费用。部分申报企业由于设立的研究开发机构较简单、研究开发人员力量薄弱，经常会将一些新产品或新工艺的设计外包，且不少企业并未与外包单位签订相应的合同，或者签订的合同还包括了申报研究开发项目以外的其他项目的设计费用。从而较难确定设计费用的合理性，且外包性质的设计费用容易与委托外部研究开发费用混淆。
应对措施
1）重点检查管理费用明细账－研究开发费用明细科目，检查设计费用支出的发票、付款申请审批单据，确认设计费用发生的合理性、真实性及准确性。
2）对于外包设计费，应重点检查合同、协议、付款凭证、发票，并分析合同、协议的实质性内容，判断是否属于为新产品、新工艺的开发进行的技术规范和操作方面的设计而发生的费用；若合同或协议实质表明，外包内容系委托外部开发机构进行实质性改进技术、产品和服务活动，且与企业的主要经营业务紧密相关，则应归属于委托外部研究费用，应要求被审计单位据实调整并列报。
3）注册会计师应走访被审计单位的设计、研究开发部门，或向外包单位进行函证确认，以正确区分外包设计费和外包研究开发费，必要时，应考虑利用专家工作。
装备调试费
难点
装备调试费，主要包括工装准备过程中研究开发活动所发生的费用。如，研制生产机器、模具和工具，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用，不能计入装备调试费。
然而，一些用于研究开发活动的机器和模具，也可能用于生产。如何区分是用于大规模批量化和商业化生产，还是用于研究开发活动，对没有专业背景的注册会计师来说是审计难点。
应对措施
1）检查是否属于工装准备过程中研究开发活动所发生的费用。如，研制生产机器、模具和工具，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等。
2）检查相关费用的核准、支付是否符合内部管理办法的规定，是否与原始凭证相符。
3）检查是否存在列入为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备，及工业工程发生的费用的情形。
